Il Museo Diocesano si può raggiungere a piedi:
- Dalla Basilica di San Francesco: percorrere Via San Francesco, Piazza del Comune, Via San Rufino sino a Piazza San Rufino.
- Dalla Basilica di Santa Chiara: percorrere Via Sermei, Via Doni sino a Piazza San Rufino.

Automobile:
- posteggiare nel parcheggio di Piazza Matteotti (50 m. circa dal Museo).

Autobus:
- scendere all’ultima fermata di Piazza Matteotti.

Treno:
- scendere alla stazione di Assisi - Santa Maria degli Angeli e proseguire con l’autobus fino ad Assisi, scendendo all’ultima fermata di Piazza Matteotti.

Aereo:
- atterrare a Perugia - Sant’Egidio e proseguire con l’autobus fino ad Assisi, scendendo all’ultima fermata di Piazza Matteotti.